Святитель был выдающимся деятелем смутного времени. Овдовев, принял постриг в Московском Чудовом монастыре. В 1589 году он поставлен митрополитом Казанским. Новый святитель выказал большое миссионерское усердие и заботливость о чистоте православия.
Став патриархом, он многое сделал в упорядочении церковной жизни.  Отказался короновать Марину Мнишек, боролся с польской интервенцией. С декабря 1610 года Ермоген начал рассылать грамоты, призывающие к всенародному восстанию против иноземных захватчиков. По сути, после низвержения Шуйского патриарх оставался единственным законно избранным начальствующим человеком в стране. Находясь постоянно в руках врагов, он становился первым страдальцем за Землю Русскую. 17 февраля 1612 года священномученик Ермоген скончался в заключении от голода.

Святейший сразу же стал почитаться как местный московский святой, а чудесные исцеления, подаваемые им, никогда не прекращались.