На семи шлемовидных куполах установлены кресты. Собор воздвигнут на месте прежнего. В стенах храма более 50 лет действовала махорочная фабрика. Поэтому даже фундамент оказался непригодным для восстановления. Решено было строить все заново. Троицкий стал последним из четырех храмов, обретенных мужской обителью. До этого были восстановлены и освящены церкви Казанская, Сергия Радонежского, в которой два года назад во время посещения Алатыря Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II провел богослужение, Пещерная, где до 30-х годов прошлого столетия покоились мощи схимонаха-чудотворца Вассиана.